グループ通算制度とは、完全支配関係にある企業グループ内の各法人を納税単位として法人税申告・納付を行い、グループ内の一定の取引に就いて税務調整を行う制度です。令和４年４月１日以降に開始する事業年度から適用されます。令和２２年に始まったグループ法人課税が完全支配関係に有る法人に強制適用であったのに対して、グループ通算制度は任意適用になります。グループ法人課税では、個人又は外国法人を通じての完全支配も含まれましたが、グループ通算課税制度は内国法人が完全支配する場合に限定されます。これ等が最大の違いです。従来、大規模法人が選択適用していた連結納税制度は,この時点でグループ通算制度へ自動的に移行することになりました。尤もグループ通算制度の適用を受けるかどうかは企業の任意ですので、グループ通算制度の適用を受けない旨の届出を出せば適用を受けない法人になることが出来ます。何某かの事務簡素化は図られたものの煩雑であることに変わりなく、またグループ通算制度が適用されると原則として自ら取止めが出来なくなりますので、余程の損益通算メリットがない限り中小法人にはお勧めしません。
改正の背景としては、現行の連結納税制度の税額計算が煩雑過ぎて中小企業グループに不向きなこと、税務調査後の修正や更正に係る納税者や国税当局の事務負担が過重になっているとの指摘を踏まえたものと言われています。このため加入時の時価評価課税や欠損金切捨て対象の縮小等の配慮がなされる一方で、グループ通算制度を利用した多様な租税回避行為が想定されることから各種の規制措置が講じらています。
１．適用開始時期及び申請手続き
(1)令和４年４月１日以降に開始する事業年度から適用されます。
(2)適用を受ける為には事業年度開始前３か月以内に、親法人・子法人全ての連名で承認申請書を提出しなければなりません。連結納税制度の適用を受けている場合は自動承認されますので手続きは必要ありません。受けない場合は事業年度開始の前日までに連結親法人が不適用の届出を提出する必要があります。
２．グループ通算課税制度の概要
(1)事業年度
親法人と子法人の事業年度が異なる場合は親法人の事業年度に合せます（見做し事業年度）
(2)グループ内の損益通算
親法人と子法人の間で損益通算を行います。具体的には通算グループ内の欠損法人の欠損金額の合計額が、所得法人の所得金額の比で按分され、按分された通算対象欠損金額が所得法人の損金の額に算入されます。一方上記で損入された金額の合計額が、欠損法人の欠損金額の比で按分され、按分された通算対象所得金額が欠損法人の所得金額に算入されます。この他に親法人との完全支配関係の継続が見込まれる場合は、子法人の一定の欠損金の持ち込みが認められます。
(3)グループ内法人間の一定の資産移転
譲渡損益を繰延べ、グループ外への移転・償却や除却を行ったときに認識します。
(4)グループ内法人間の寄付金
支払法人では損金不算入、受取法人では益金不算入になります。
(5)グループ内法人間の配当
受取法人では全額益金不算入になります。
(6)外国税額控除や試験研究費税額控除など
各社ごとの計算ではなく、グループ全体で計算します
(7)中小法人向けの特例措置
グループ内に一社でも中小法人以外の法人がある場合は適用されません。
(8)修正申告や更正が有った場合
後発的に修更正事由が生じた場合に、原則として他の法人の税額計算には反映させません（遮断）。
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