基準期間の課税売上高が１千万円以下（基準期間が無い場合も含む）の免税事業者については、事業者の選択により課税事業者となることを認めて、設備投資等の税額の還付が受けられる様な措置を講じています。一方で１取引単位が１百万円以上の調整対象固定資産の仕入等を行った場合には、「課税事業者選択不適用届出の制限」と「課税売上割合が著しく変動した場合の仕入控除税額の調整」の２つの制約を課しています。

１．課税事業者選択不適用届出の制限
課税事業者となることを選択した事業者が、次のイ～ハの全てに該当する場合は、調整対象固定資産の仕入等を行った課税期間の初日から３年を経過する日の属する課税期間の初日以降でなければ、課税事業者選択不適用届出書を提出することが出来ない。
イ．課税事業者となった課税期間の初日から２年を経過する日までに開始した課税期間中（原則として２年間）に
ロ．調整対象固定資産の仕入等を行った場合
ハ．その調整対象固定資産の仕入等を行った課税期間につき簡易課税制度の適用を受けない場合（一般課税により申告する場合）

ここで間違え易いのは２点、先ずイです。原則として２年間に調整対象固定資産の仕入等を行った場合が該当することです。選択２期目に仕入等をした場合は、選択４期目まで課税事業者選択が強制適用されます。逆に選択３期目に仕入等をした場合は制限の対象になりません。
次に不適用届出書の提出が認められない期間です。調整対象固定資産の仕入等を行った課税期間の初日から３年を経過する日の属する課税期間の初日以降しか提出できません。不適用届出書は提出日の属する課税期間の翌課税期間からその効力が生じますので、決算期変更等で１年未満の課税期間がある場合は、全体で３年超の強制適用期間が発生します。

２．課税売上割合が著しく変動した場合の仕入控除税額の調整
課税事業者が国内において調整対象固定資産の課税仕入れ等を行い　且つ
イ．その課税仕入れ等の税額につき比例配分法により仕入控除税額を計算した場合において
ロ．第３年度の課税期間の末日にその調整対象固定資産を有しており
ハ．第３年度の課税期間における通算課税売上割合が仕入等の課税期間における課税売上割合に対して著しく変動した時には
第３年度の課税期間において仕入控除税額を調整します。

ここで間違え易いのが第３年度の課税期間の定義です。第３年度の課税期間とは、仕入等の課税期間の開始の日から３年を経過する日の属する課税期間を言いますので、決算期変更等が有った場合は適用４期目が第３年度になることがあります。

 
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