居住用不動産の譲渡に就いては５つの優遇措置が設けられています。但し中には他の特例との併用が認められていないものが有ります。従ってどれを適用してどれを放棄するかの有利選択が必要になります。

１．売却益が出た場合の優遇措置
①居住用不動産を譲渡した場合の３千万円特別控除
居住用不動産の所有期間に関係なく、譲渡所得から３千万円を限度とする特別控除が受けられます。３年に１度であれば繰り返し適用が認められ、共有の場合は各共有者毎に適用があります。②の軽減税率との重複適用が出来ますが、住宅ローン控除との重複適用は出来ません。後者に就いては影響が大きい為ご注意下さい。③の買換え特例との重複適用も出来ません。
最も頻繁に利用される制度ですので、留意事項を簡単に纏めてみましょう。
ィ．この特例を受ける目的で入居した家屋に付いては適用がありません。
ロ．居住しなくなった家屋に付いては、住まなくなった日以降３年を経過する年の１２月３１日までに売却しなければ適用がありません。
ハ．家屋を取壊して更地にした場合は、取壊しの日から１年以内に敷地の売買契約を締結し、住まなくなった日から３年経過後の１２月３１日までに譲渡する必要があります。
二．転勤等で単身赴任の場合は、配偶者等が居住していれば適用が受けられます。
ホ．売り手と買い手の関係が、特殊関係者（配偶者や直系血族、同族会社など）の場合は適用がありません。

②１０年超所有の居住用財産に係る軽課税率
居住用不動産（土地と家屋の両方）の所有期間が１０年を超えている場合は、６千万円を限度として譲渡所得に対する軽課税率が適用されます。上記①のロ及びハの取扱いは同じです。前年と前々年にこの特例の適用を受けていないことが必要です。①との併用が可能ですが、③との重複適用は認められません。住宅ローン控除との重複適用も出来ません。
６千万円以下の所得に対する税率は１４．２１％（所得税等１０，２１％、住民税４％）、６千万円超の所得に対する税率は２０．３１５％（所得税等１５．３１５％、住民税５％）になります。（措置法第３１条の３）

③特定居住用財産に係る買換え特例
所有期間が１０年超（土地と家屋の両方）の居住用不動産（譲渡価額が１億円以下に限る）を譲渡して、譲渡年の前年１月１日から譲渡年の１２月３１日まで（１年間の延長申請が可能）の間に買換え資産を取得し、且つ一定期間内に居住の用に供した場合は、譲渡益のうち買換え代金に充当された部分相当については課税時期が繰延になります。（措置法第３６条の２）
注意すべき事項は上記①と略同様です。①及び②との重複適用は出来ません。また住宅ローン控除との重複適用も認められません。①と③の何れを選択した方が有利か判断する必要が有りますが、一般には①を選択する方が有利になります。理由は次の通りです。
ィ．課税時期の繰延べ措置に過ぎず、非課税制度では有りません。
ロ．②の軽課税率の適用が受けられません。
ハ．売却金額が１億円以下との制約があります。

（２）売却損が出た場合の優遇措置
不動産の売却損は分離課税所得として、その他の所得（給与所得や事業所得など）との損益通算が認められていません。特例として次の２つのケースに限り損益通算を認め、かつその年に相殺し切れなかった場合は、翌年以降３か年に亙り繰越すことが出来ます。

④居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除
所有期間が５年超の居住用不動産を譲渡した場合に於いて、一定期間内に買換え資産を取得し且つ居住の用に供したときは、その譲渡に係る損失の一定金額を他の所得と損益通算することが出来ます。これには買換え資産を取得した年の１２月３１日に買換え資産に係る住宅ローン（期間１０年以上）残高が有ることが必要です。なおその年に損益通算し切れなかった特定譲渡損失の金額については、３年間の繰越し控除が認められます。但し合計所得金額が３千万以下の年に限られます。この所得制限ですが繰越控除のみで、損益通算にはありません。（措置法４１条の５）
他の居住用財産に係る特例との併用関係ですが、①の３千万円控除・②の軽課税率の適用・③の買換えの場合の長期譲渡所得の特例との重複適用が出来ません。また特定譲渡をした年または前３年以内に④損益通算の特例を受けている場合も適用が有りません。⑤の特例を受けた場合も同様です。但し住宅ローン控除については併用が認められていますので、買換え資産について住宅ローン控除を受けることが出来ます。これは⑤のケースについても同様です。

⑤特定居住用不動産の譲渡損失の損益通算及び繰越控除
所有期間が５年超の居住用不動産を譲渡した場合は、その譲渡に係る損失の一定金額を他の所得と損益通算することが出来ます。これには譲渡契約を締結した日の前日に於いて譲渡資産に係る住宅ローン（期間１０年以上）残高が有ることが必要です。
損益通算が出来る損失の額は、発生した譲渡損失の金額と、住宅ローン残高から譲渡資産の対価の額を控除した残額の何れか少ない金額になります。つまり売却代金で住宅ローン残高が完済できない場合に適用があると言うことです。④と同様にその年に損益通算し切れなかった特定譲渡損失の金額については、３年間の繰越し控除が認められます。合計所得金額の制限も同じです。（措置法４１条の５の２）

 
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