今シーズンも共有不動産売却に伴う税務申告のご依頼が何件か有りました。親子で共有しているが親世帯（又は子世帯）だけが住んでいるケースとか、相続で兄弟が取得したが長期間空き家になっているケース等、３千万円特別控除の適用については議論の余地がない事例が殆んどでした。
ところが判断に迷うのは、一棟の建物のうちに共有権者の居住用に供されている部分と、他の共有権者の事業の用に供されている部分がある場合です。
仮に一棟の土地・建物を兄弟AとB（生計不同一）が持分２分の１で共有し、床面積の２分の１相当はAが自己の居住用に・２分の１はＢが事業用店舗に使用していたとします。全体の売却収入は１億５千万円で、これから取得費・譲渡経費を引いた譲渡利益は６千万円です。これをＡとＢで折半します。
この場合Aの確定申告に於ける居住用財産の特別控除額は、３千万円（6千万円×1/2×100％）でしょうか或いは１千５百万円（6千万円×1/2×50％）でしょうか？換言すれば、当該店舗併用住宅に於けるＡの居住用・非居住用の割合を、分母の内Ａが使用する居住用部分の面積／Ａが使用する建物（土地）部分の面積で求めるのか、分母の内Ａが使用する居住用部分の面積／建物（土地）の全体面積で求めるのかと言う疑問です。前者であれば納税額が有りませんが、後者だと課税所得が生じる上に軽課税率ではなく一般税率が適用されます。
結論から言えば、前者になります。施行令には、”個人がその居住の用に供している家屋（当該家屋のうちにその居住の用以外の用に供している部分があるときは・・）とありますので、分母にはＡの用に供されていない部分が含まれません。従ってこのケースでは、Ａの居住用割合は１００％となり３千万円全額の特別控除が受けられます。
何故この様な取扱いになるのかは、マンションの売却を考えれば理解し易いと思います。マンションの権利関係ですが、建物は専有部分が区分所有権・共用部分は共有持分権、土地は建物所有割合に応じた敷地利用権です。もし特別控除額の計算を後者で行うとすれば、マンション居住者に付いては３千万円控除の優遇措置が殆んど機能しなくなります。
経済合理性から考えれば、共有の場合は使用する共有持分の範囲で居住用・非居住用の割合を計算するのが妥当と思いますが、その辺りが明確に読み切れない条文の書き振りになっているのも確かです。
例えば上記設例で、店舗部分をＢではなくＡが経営している場合はどうでしょうか？Ａの事業の用に供されているのだから単純に居住用割合は５０％なのか、Ｂが持分をＡに貸借しているのだからＢの用に供されていると考えて居住用割合は１００％なのか、判断が微妙です。
＜関係法令と通達＞
１．（居住用財産の譲渡所得の特別控除）
措置法施行令第２３条第１項
”第二十条の三第２項の規定は、法三十五条第１項に規定する政令で定める家屋について準用する”
２．（居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の特例）
措置法施行令第二十条の三第２項
”法三十一条の三第２項第一号に規定する政令で定める家屋は、個人がその居住の用に供している家屋（当該家屋のうちにその居住の用以外の用に供している部分があるときは、その居住の用に供している部分に限る）とし、以下省略”
３．（店舗兼併用住宅等の居住部分の判定）
措置法通達３１の３－７
”その居住の用に供している家屋のうちに居住の用以外の用に供されている部分のある家屋に係る措置法施行令第２０条の３第２項に規定するその居住の用に供している部分及び当該家屋の敷地の用に供されている土地等のうちその居住の用に供している部分は、次により判定するものとする。”
①当該家屋のうちその居住の用に供している部分は、次の算式により計算した面積に相当する部分とする
当該家屋のうちその居住の用に供している部分＝Ａ＋ＢＸＡ／（Ａ＋Ｃ）
②当該土地等のうちその居住の用に供している部分は、次の算式により計算した面積に相当する部分とする
当該土地等のうちその居住の用に供している部分＝Ａ＋ＢＸ①で算出した床面積／（Ａ＋Ｂ＋Ｃ）
Ａ：当該家屋（土地）の内その居住の用に専ら供している部分の面積
Ｂ：当該家屋（土地）のうちその居住の用と居住の用以外の用とに併用されている部分の面積
Ｃ：当該家屋（土地）のうち居住の用以外の用に専ら供されている部分の面積
（お断り）
本稿には筆者私見に属する部分が有ります。
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