ご相談者は何か間違った情報を教えられたものと拝察します。
居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例(措置法第31条の3)と、居住用財産の譲渡所得の特別控除(措置法第35条)の適用に於ける、店舗兼住宅の場合の取扱いは同じです。住宅部分には適用があるが店舗部分には適用がなく、また両者の割合についての制限は有りません。夫々の使用面積を測定して、その割合に従って売却代金の振分けを行って下さい。取得費がお分かりにならない様なので、仮に概算取得費控除で譲渡所得を計算しますと、全体では3千万円を超えることになりそうです。そうすると丸々税金を払わずに済むと言うことにはなりません。
一案として、贈与税の配偶者控除制度を使い、非課税限度額(相続税評価額が2千万円以下)の範囲内で土地及び家屋の共有持分を奥様に贈与されては如何でしょうか。店舗併用住宅であっても大丈夫です。但し贈与税が非課税になるのは居住用部分に限られます。この場合も居住用部分の土地等又は家屋の面積が、全体の概ね90%以上であれば、全体を居住用とすることが出来ます。共有になっている居住用財産を売却した場合は、各共有持分者毎に3千万控除の適用が受けられますので、譲渡所得に係る税負担はうんと軽くなる筈です。
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