住宅ローン控除を失念した場合の対応は、（１）確定申告をしていない場合と、（２）確定申告をしている場合に、分けて考える必要があります。平成２５年分と平成２６年分については、既に確定申告書を提出済みなので更正の請求に拠り還付請求をすることは出来ません。これに対し平成２７年分以降は、必要事項の記載と必要書類を添付した確定申告書（期限後申告書を含む）を提出すれば住宅ローン控除の適用を受けることが出来ます。
（１）確定申告をしていない場合
住宅ローン控除は、”確定申告書に、控除に関する必要事項の記載と、必要書類の添付が有る場合に限り適用する（措置法第４１条第２５項）と明記されています。従って、新たに確定申告書（期限後申告書と言います）を提出し、必要事項の記載と必要書類の添付をすれば、過年度分であっても遡及して適用を受けることが出来ます。還付申告書の提出期間ですが、還付申告書を提出できる日（還付年分の翌年１月１日）から５年を経過する日までとされています。例えば平成２７年分であれば、平成２８年１月１日から平成３２年１２月３１日までが提出期間になります。
(注)その年の控除限度額が所得税額を上回った場合には、住民税額から控除することとされています。ところが地方税法の規定で、これが適用されるのは期限内申告の場合に限られていますので、期限後申告により住民税から遡及還付を受けることは出来ません。
多くのサラリーマンは年末調整で課税関係が終了するため、確定申告を行っていないと思いますが、ふるさと納税や医療費控除等で確定申告をしている場合は下記（２）をご参照下さい。
（２）確定申告をしている場合
既に提出済の平成２５年分と平成２６年分には、（１）でご説明した住宅ローン控除を受けるための必要事項の記載及び必要書類の添付が有りませんでした。一般にこの様な縛りを「当初申告要件」と言いますが、先の税制改正でこれが廃止された制度が幾つかあります、残念ながら住宅ローン控除制度については存置されました。本件は当初申告要件を満たさないので、平成２５年及び平成２６年については、遡及適用を受けることが出来ません。
還付請求には、確定申告（期限後申告）に拠るものと、更正の請求に拠るものの２種類あります。ご相談者は、恐らく後者を念頭におかれているのでしょう。確かに平成２４年度税制改正で、更正の請求期間が１年から５年に延長されました。然しながら、今回のケースで更正の請求が認められる可能性はありません。更正の請求とは、申告書に記載した税額等の計算が法令に従っていなかったり、間違えたりしていた為に納付すべき税額が過大になった場合の手続きです。然しながら本件はこれに該当せず、任意に選択しなかっただけの話なので更正の請求の対象外になります。
措置法第４１条第２６項には、「宥恕（ゆうじょ）規定」が設けられています。そこには、”税務署長は、必要事項の記載や必要書類の添付がない確定申告書の提出が有った場合に、已むを得ない事情があると認められる場合は第１項の規定を適用することが出来る”と書かれてあります。このため、嘆願書を出せば何とかなるのではとお考えの方も居られる様ですが、実際に宥恕されることは無い様です。
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