今回の売却で、適用の可能性がある優遇措置としては、①３千万円控除と②買換えの特例の２つがあります。②は納税時期の繰延制度ですから、一般には①の方が有利になります。
*注　買換え特例は、譲渡収入が１億円を超える場合には適用が受けられません。これに対し３千万円控除は、この様な金額制限がありません

共有の自宅を売却したとき、３千万円控除が受けられるかどうかは共有者ごとに判定します。お二人とも要件を充たしていれば、最大２人で６千万円の控除が可能です。２人合計で３千万円ではありません。

ここで注意を要するのは、家屋は共有ではなく土地のみが共有の場合、家屋の所有者以外は原則的に３千万円控除が受けられないことです。但し例外があって、次の３条件の全てに該当するときは、土地のみの所有者に付いても３千万円控除の適用が受けられます。
イ．敷地を家屋と同時に売ること
ロ．家屋の所有者と敷地の所有者が親族関係にあり、生計を一にしていること
ハ．その敷地の所有者は、その家屋の所有者と一緒にその家屋に住んでいること

最後に建物の取得費の計算ですが、購入価額ではなく時の経過に応じた減価償却費を控除した金額となります。構造・用途・細目に応じた耐用年数と償却率（通常の耐用年数に1.5を乗じた年数に応じる旧定額法の償却率）を用いて計算します。貸家など業務の用に供した期間が有る場合には、償却率が異なるので気を付けましょう。
設例の様に、事後の設備費や改良費の支出が有る場合には、その時点で資産を取得したものとして別途に償却費の計算を行います。